Cuantificación de microbios en el suelo y raíces

Descripción general de la técnica: Análisis de perfiles de ácidos grasos para la cuantificación de abundancia (biomasa viva), por marcadores de ácidos grasos que se identifican con estándares y apoyo del software MIDI Inc. en el cromatógrafo de Gases Agilent Technologies® 7890B. Este método es de gran resolución cuantitativa para biomasa de células vivas de grupos microbianos: bacterias [separación de grandes grupos: Gram+, Gram-, actinobacterias], hongos [separación de grandes grupos: saprótrofos, micorrízicos arbusculares y ectomicorrízicos] y microeucariontes. También se usa para análisis de dieta y consumo de organismos en redes tróficas.

El método de fraccionamiento reporta la fracción de ácidos grasos fosfolipídicos (la más solicitada porque se relaciona directamente a las membranas celulares) y la de ácidos grasos neutros (opcional, útil en estudios con hongos y otros eucariotas que almacenan reservas de carbono).

Equipo utilizado (Modelo/marca): software MIDI Inc. Cromatógrafo de Gases Agilent Technologies® 7890B.

Referencia de la metodología: Fostergard et al., 19xx

Especificaciones para la recepción de la muestra: 8 a 10 g. Suelo liofilizado o congelado (a temperatura de -20°).

Notas u observaciones adicionales: Tiempo máximo para procesar la muestra congelado: 1 mes y liofilizado: 3 meses.

Descripción general de la técnica: El método de célula completa no separa las fracciones de lípidos en general, pero si un perfil con la totalidad de ácidos grasos.

Análisis de perfiles de ácidos grasos para la cuantificación de abundancia (biomasa viva) de grupos microbianos en muestras de suelo, líquidos o tejidos, mediante cromatografía de gases y cuantificación de marcadores de ácidos grasos que se identifican con estándares y apoyo del software MIDI Inc.  en un cromatógrafo de gases Agilent Technologies® 7890B.

Este método es el de mejor resolución cuantitativa para biomasa de células vivas de grupos de bacterias, hongos y protozoarios. Nos indica la abundancia por grupos microbianos (bacterias [separación de grandes grupos: Gram+, Gram-, actinobacterias], hongos [separación de grandes grupos: saprótrofos, micorrízicos arbusculares y ectomicorrízicos] y protozoarios.

Equipo utilizado (Modelo/marca): software MIDI Inc. Cromatógrafo de gases Agilent Technologies® 7890B.

Referencia de la metodología: 

Especificaciones para la recepción de la muestra: 3 a 4 g. Suelo liofilizado o congelado (a temperatura de -20°).

Notas u observaciones adicionales: Tiempo máximo para procesar la muestra congelado: 1 mes y liofilizado: 3 meses.

Descripción general de la técnica: Identificación rápida, confiable y económica de aislamientos de bacterias por cromatografía de gases (Agilent Technologies® 7890B).

Este tipo de análisis permite generar un perfil específico de los ácidos grasos extraídos de la muestra a identificar que se compara con las bibliotecas informáticas especializadas de  ácidos grasos de microorganismos tipificados del software MIDI Inc. Esto nos permite obtener una identificación muy confiable de los aislamientos de bacterias [separación de grandes grupos: Gram+, Gram-, actinobacterias].

Equipo utilizado (Modelo/marca): cromatografía de Gases (Agilent Technologies® 7890B).

Referencia de la metodología:

Especificaciones para la recepción de la muestra: Cultivo viable aislado de bacterias (cultivo de colonias puras).

Notas u observaciones adicionales: Si la muestra requiere una purificación, como parte de la determinación del cultivo generará un costo adicional. Para más especificaciones sobre el aislamiento contacte a lanies@iies.unam.mx. Tiempo máximo para procesar la muestra congelado: 1 mes y liofilizado: 3 meses.